Desde su creación el IMAE viene desarrollando numerosos proyectos de investigación tanto nacionales como internaciones. A continuación se presenta la síntesis de algunos de ellos:
INCO DC: Cooperación Internacional con Países en Vías de Desarrollo (1994 1998). Contrato Numero: ERB IC18 - CT98 – 0262. El manejo sustentable de los recursos de los humedales en el Mercosur. Español - English
Circuitos de Turismo Cultural. Inventario preliminar del patrimonio cultural tangible en aldeas rurales de la provincia de Entre Ríos, Argentina. Primera etapa.
Plan de Recuperación del Patrimonio Cultural Hispánico - Guaraní en el Corredor del Río Uruguay. Franja costera: Concordia-Concepción del Uruguay.
Comunidad Local, Patrimonio, Ocio y Desarrollo Sustentable. Integración, recuperación y desarrollo de las localidades del Departamento de Gualeguaychú. (Provincia de Entre Ríos, Argentina)